Я бегать полгода назад начал, колени по первой сильно болели с непривычки, бинтовал сперва, потом ваще все ок стало, связки видимо привыкли, в общем старайтесь бегать правильно - на стопу наступать целиком, а не на пятку, а то я сперва так и бегал, потом ток вкурил как правильно.
Если есть варик...