у меня был аналогичный случай и насколько я помню я экспортировал каждый аудио трек с самого начала самой дорожки - и после этого они были привязаны к началу проекта и при изменении темпа никуда не сдвигались - пишу по памяти так как нет возможности проверить на Logic
вкрайнем случае...