TechnoIsBack, чтобы предметно разобраться, почему после вычитания у вас разные сигналы, надо проанализировать файлы. Выложите исходники и результаты в формате WAV и картинки с настройками эквалайзеров.
Если я проделаю этот эксперимент, у меня файлы получатся похожие. Вычитаться, может, и не...