Возможно, это из-за разной частоты дискретизации. Если проект 44 kHz, а семплы 48 (или любая другая частота, отличная от частоты проекта), то возможны проблемы такого рода. Выставляя семплы (48) в проекте (44) по сетке - играть по сетке они не будут. Мне лично пришлось менять частоту проекта на...