Вероятно - не выключен предыдущий миди-трек кнопкой MUTE, и выход у него идет на новый VST вместе с новым миди-треком.
Надо в выходе посмотреть у первого миди, куда поступает сигнал и замьютить его, перед записью второго миди-трека.
Если же надо, чтобы первый миди тоже звучал при записи второго...