У меня такая же фигня с окнами. Например раскрыто окно проекта на полную, но стоит открыть PianoRoll или окно VSTi или еще что, и окно проекта из полностью открытого делается открытым не до конца, т.е. немного сворачивается. Действует больше на нервы, чем реально мешает. Чем вылечить - не знаю, забил на это. А поначалу аж бесило, я его разверну, а оно само уменьшается!