Все плагины изначально раскиданы по разным шеллам и это юзером не настраивается, насколько мне известно. Просто в большинстве хостов отображаются просто плагины списком, а не шеллы (которые вообще не видны). Получается, что это недоделка ФЛ. Когда-то для таких хостов существовала утилита shell2vst для Вин, которая разбивала шеллы на отдельные dll. Как сейчас с этим дела обстоят - хз.
Нужно было просто углубленную проверку плагинов сделать, с опцией Verify Plugins, тогда - плагины Waves прописываются корректно. Всем спасибо за помощь.