Nathanael,
На самом деле речь идет о известной проблеме, довелось однажды столкнуться с ней самому.
Решение в следующем - пробуйте вставлять iLok ключ сразу же после старта Pro Tools, задержка должна быть минимальной. Повторяйте эту процедуру пока PT не увидит лицензию, в дальнейшем он будет...