Ставите всё один раз, делаете образ системы. При необходимости переустановки восстанавливаете образ не более чем за полчаса (это для объёмных образов цифра, то есть где-то до 50 ГБ). Файлы библотек можно располагать так, чтобы не включать их в образ, т.е. на другой раздел винта.
В...