Файлы? Вроде нет. Спрашивает только про проект.
Вот у меня лично работает так (версия 6.6.1) и почти не сомневаюсь, что у других также:
1. Допустим, есть галочка на Autosave 5 минут и галочка, чтобы S1 спрашивала при сохранении проекта, стоит ли копировать внешние файлы в папку с проектом:
2...