Cosmo, сигнал будет писаться всё равно "чистым", если правильно Вас понял - во время записи требуется прослушивание звука, обработанного плагинами, "выставленными на канале". Для этого в Samplitude нужно выбрать соответствующий режим мониторинга (System Options -> Audio Setup (hotkey "Y")...