Смотрите, создаем template, сохраняем его в папку с template (Save as Template...), создаем новый файл проекта (Ctrl-N), вылезает Steinberg Hub, ищем там свой template, выбираем путь для проекта, любое название папки (Project folder), открывается новый проект, сохраняем его под любым именем. В этом случае все файлы будут записываться именно в эту папку.
То, что происходит у Вас, я так предполагаю, происходит из-за того, что Вы, создав template, сохранили его в удобное для себя место и открываете двойным щелчком или через File-Open...
Поправьте меня, если я не прав.