В Adobe Audition 1.5 (пользуюсь только им, даже Windows на Мак из-за него поставил), можно использовать функцию "Fill Single Click Now" из окна Click/Pop Eiminator. Грузите файл, переключаетесь в Spectral View (F9); чтобы лучше видеть щелчки, Resolution для Spectral View лучше взять 256 - 512 (F4 > Display), щелчки клавиатуры выглядят как вертикальные полосочки при правильно выбранном масштабе. Выделяете с небольшим запасом, вызываете Effects > Noise Reduction > Click/Pop Eiminator, жмёте "Fill Single Click Now". В далнейшем, чтобы не вызывать каждый раз окно, можно жать F3 (повторение предыдущей функции).
Не знаю, как в современных версиях, в Adobe Audition 3, кажется, так же работало.
Можно и автомат попробовать для больших объёмов, но, обычно, приходится всё равно дочищать руками.